エクセルを起動してライセンス認証を行ってください。

ショートカットを「shift.exe」から直接作成する場合は注意が必要です。
「作業フォルダ」をエクセルブックのあるフォルダに指定する必要があります。
そのままでは、ブックが見つからないことで、エラーになります。
　　→　ショートカットの作成方法を参照して下さい。

ブック（shift.xlsm（Excel2003以下では「shift.xls」））を単体で起動してみて、起動できるかを確認してください。
それぞれのシフト作成ツールでのブックの場所
起動でない場合、ブックが壊れている可能性があります。
再度ダウンロード／セットアップしてみてください。

何らかの原因で「shift.xlsm/xls」が無い場合にも「４００」のエラーが表示されます。
ブックが存在しているかを確認してください。（ブックの場所）
もし、無い場合は、再度ダウンロードする必要があります。

Officeが破損している可能性もあります。
Officeの修復を試みてみて下さい。